1882 gründete Rappard mit einigen anderen angesehenen Männern aus Kirche und Gesellschaft den „Verein für Evangelisation und Gemeinschaftspflege“. Die leitende Kommission des Vereins bestand aus Pfarrern der reformierten Landeskirche, Vertretern der Pilgermission St. Chrischona, Predigern der Stadtmission, der Basler Mission sowie auch Privatpersonen. Anliegen des Vereins war es, den geistlichen Aufbruch weiterzuführen und Evangelisationsveranstaltungen zu organisieren. Zu den Veranstaltungen wurden damals bekannte Geistliche eingeladen.
1938 beschloss die Kommission des Vereins, eine Arbeit unter Frauen zu beginnen. Die Leitung wurde einer Diakonisse von Chrischona, Sr. Anni Hünenberger, anvertraut. Nach ihrem frühen Tod übernahm Schwester Elsy Gasser diese Aufgabe und baute sie zu einer blühenden Arbeit aus.
In den 1960er Jahren bereicherte der Theologieprofessor Herbert Jantzen durch seine Predigten die Veranstaltungen des Vereins und trug zu dessen Wachstum bei. Seit den 60er Jahren entstand zunehmend ein eigenständiges Gemeindeleben mit eigenen Gottesdiensten.
1986 wurde der programmatische Name „Verein für Evangelisation und Gemeinschaftspflege“ durch den Namen „Gemeinde Evangelischer Christen“ ersetzt.
Heute ist die Gemeinde Evangelischer Christen eine eigenständige Freikirche. Wir teilen mit anderen evangelischen Kirchen das Erbe der Reformation. Eine freie Zusammenarbeit mit anderen Kirchen und Freikirchen findet überwiegend im Rahmen der Evangelischen Allianz Basel statt, deren Mitglied die GEC ist.